Mit der Entdeckung der Prionen lieferte er eine Erklärung für die „Rinderwahnsinn“ bzw. BSE genannte bovine spongiforme Enzephalopathie. In seinem Vortrag referierte er am Montag Nachmittag in beeindruckender Klarheit die Rolle von Prionen als Ursache für unterschiedliche neurodegenerative Erkrankungen: Für jede dieser Krankheiten von - von wie Alzheimer, anderen dementiellen Erkankungen bis zur Parkinson’schen Krankheit - stehen spezifische Prionen als Ursache. 
Prof. Stanley Prusiner entdeckte mit den Prionen eine bislang unbekannte Klasse von Erregern, die weder den Bakterien, Viren oder Pilzen zugeordnet werden können. Er nannte sie Prionen, - abgeleitet von Protein und Infektion. Es sind fehltgefaltete Proteine, die in der Lage sind, sich in dieser abnormen Form zu vermehren. Wenn sie sich ansammeln, verursachen sie schwere Demenzen und andere neurodegenerative Erkrankungen bei Menschen und Tieren.  
Die Frage, die tausende von Forschern weltweit wie auch die Öffentlichkeit umtreibt, wie diese Erkrankungen denn zu heilen oder zumindest effektiv zu behandeln sind, beantwortete der Nobelpreisträger zurückhaltend. Aus seiner Sicht sei die Dringlichkeit einer Therapie bei der Alzheimer’schen Erkrankung am höchsten. Die jährliche Todesrate in den westlichen Ländern liege hier zehn mal so hoch wie bei Parkinson, aber: „It will be a while up - es wird noch eine Weile dauern, denn Antikörper haben sich als therapeutischer Ansatz bisher als nicht praktikabel erwiesen, da sie die Blut-Gehirn-Schranke kaum passieren können und zudem oft schwere Nebenwirkungen für den Patienten mitbringen. Er plädiere dafür, nach Möglichkeiten zur Zerstörung der auslösenden Prionen statt nach Antikörpern zu suchen.“
Stanley B. Prusiners Beiträge zur Forschung sind international hoch anerkannt. Er ist Mitglied in den renommiertesten amerikanischen Wissenschaftsgesellschaften sowie ausländisches Mitglied der Royal Society in London. Er erhielt neben dem Nobelpreis zahlreiche weitere wichtige amerikanische wie internationale Wissenschaftspreise, z.B. den Wolf Prize in Medicine des Staates Israel (1997); und die United States Presidential National Medal of Science (2009).